系統方面，魅族MX4 Pro采用了最新的Flyme 4.1（基于Android 4.4.4）操作系統，并在前作的基礎上加入了更多新功能，像手勢喚醒能直接進入到相應程序，語音喚醒可不用拿手機，在不方便接觸手機時用語音完成撥號、查詢天氣路況等各種功能。
鎖屏界面
Flyme 4.1的界面風格和上一版基本保持一致，并沒有太大變化，當設置鎖屏密碼后，用戶在屏幕上向任意方向滑動即可看到輸入密碼界面，當然，如果只是想拍照的話，在輸入密碼界面的右下角有個相機標識，點擊便可開啟相機。
主界面
進入主界面可以看到，Flyme 4.1延續了前作風格，簡單利索的用戶界面給人清爽的感覺。當然，如果你喜歡裝很多應用程序，可通過合并相同的應用來分類騰地方，所以用戶不必擔心桌面空間問題。
應用中心
游戲中心
說到應用程序，魅族MX4 Pro的應用中心從游戲、生活助理、咨詢、閱讀一直到金融理財等應有盡有，包你滿意。不過，對于一些手游發燒友而言，要是沒有專門下游戲的地方怎么行？游戲中心則涵蓋多種類型游戲，想怎么玩就怎么玩。
下拉菜單/后臺管理
當用戶用手指從任意位置下劃屏幕時，即可開啟下拉菜單，該菜單包括wifi、移動數據、亮度、靜音等常用設置，輕點便可開啟/關閉，非常便捷。如果用戶從屏幕底端向上滑動便可開啟后臺管理，這里可以關閉一些占內存的應用。
個性化/賬戶
Hi-Fi Sound
進入設置界面可以看到，個性化設置能讓用戶對該機的主題和各類壁紙進行更改，而賬戶功能可讓用戶更為深入的體驗MX4 Pro。此外，如上圖所示，Hi-Fi Sound可選擇高低增益和檢測耳機阻抗，與不同類型的耳機配合提供優質Hi-Fi體驗。
手勢喚醒
手勢喚醒
手勢喚醒功能相比大家都不陌生，市面上大部分Android手機都有此項，像畫V開啟相機、畫O開啟音樂等。不過，魅族快人一步對此功能進行了優化，用戶可針對某個應用程序自行設置喚醒符號，既方便又快捷，人性化十足。
語音喚醒
語音喚醒顧名思義，就是通過說話來喚醒手機，讓它為我們服務，這樣既可解放雙手，也體現出科技的魅力，魅族MX4 Pro的語音喚醒功能不但可以使用默認的語音命令喚醒，而且還可自行定義語令，筆者經過測試，識別率還是很高的。
應用加密
訪客模式
應用加密可對任意一款程序進行加密處理，從而保護用戶的個人隱私。訪客模式則是通過隱藏應用程序來實現保護個人隱私，兩者同時使用，即便手機丟失也不怕隱私泄露，安全又可靠。
