與iPhone5一樣，iPad mini所搭載的系統為IOS 6。該系統包括200多項新功能，包括全新地圖應用、VIP郵箱、電話控制功能、FaceTime等方面的改良。
經過國外媒體的實際測試，發現IOS 6系統相比舊版本更加智能和人性化，iPad mini運行時較為流暢，沒有出現卡頓現象。全新地圖應用最大的特色是加入了3D實景模式，支持手勢旋轉和縮放。3D實景模式不但能全角度瀏覽單一建筑，還可以鳥瞰城市全貌。此外，全新地圖應用有一些很酷的新功能，它集成了Siri語音功能，支持交通流量實時監測、本地信息搜索等。
IOS 6系統還對郵箱進行了改良，用戶可以設置VIP賬號，電子郵件排序將更加簡單。值得一提的是，重要郵件將直接被推送至桌面，以防用戶漏收郵件。
此外，用戶在使用Safari瀏覽網頁時，可以儲存網頁離線閱讀列表。與此同時，借助HTML5，Safari能夠實現與第三方應用的鏈接交換，使用起來較為便捷。
