酷派9900是中國電信定制的機型，所以在手機中內置了很多定制程序，比如說189郵箱、天翼導航、號碼百事通、互聯星空等等，這些應用在其他的定制機型中也是經常見到的。

除此之外，定制應用也涉及到一些娛樂功能，比如天翼視訊、愛游戲、愛音樂以及天翼閱讀等等，值得一提的是本機還加入了一些新開發的應用，比如翼聊以及愛動漫等。

需要說明一下的是這些定制應用有一些在使用的過程中都是需要連接中國電信CDMA網絡的，有的如果不差SIM卡甚至都是無法進入的，不過大部分比如互聯星空、189郵箱等都是可以連接Wi-Fi的，但大家在使用過程中仍需注意。